金融庁は内部管理態勢に不備があったなどとして、改正資金決済法に基づく業務改善命令を「ビットフライヤー、ＱＵＯＩＮＥ、ビットバンク、ＢＴＣボックス、ビットポイントジャパンと、大阪市のテックビューロ」の6社に出した。いずれも金融庁の審査を受けた登録業者で、１月に不正流出を起こしたコインチェックのような「みなし業者」より態勢は整っていると見られていたが、金融庁の立ち入り検査の結果、６社はいずれも犯罪組織による資金洗浄（マネーロンダリング）を防ぐ態勢などに不備があったという。
さらには帳簿が不正確だったり、業績を優先してコストのかかる監査態勢を整えなかったりしていたため、金融庁は各社に７月２３日までに業務改善計画の提出を命じ、その後も１カ月ごとに計画の進捗について報告するよう求めた。